È ormai noto a tutti che il corpo produce la supercompensazione durante le fasi di riposo e non durante l'allenamento, pertanto è importante che vi sia il giusto equilibrio tra queste componenti.
L'allenamento funzionale prevede esercizi complessi ed un lavoro decisamente completo di tutto il corpo, per questa ragione è particolarmente importante non esagerare con gli allenamenti. Ciò significa che 2 o 3 allenamenti settimanali sono le reali necessità di lavoro di chi si approccia a questo metodo di allenamento. Una frequenza di allenamento maggiore potrebbe essere adatta a persone particolarmente dotate geneticamente o comunque a persone che non hanno altri impegni nell'arco della giornata. Anche in questo caso è importante sottolineare come le attività extrasportive possono incidere sulle reali capacità di allenarsi di una persona e devono perciò essere tenuto in considerazione per creare questo rapporto ottimale attività / recupero.